什么是免疫组库,免疫组化百度百科 -上海生物商贸有限公司

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免疫组库多样性(Richness/Diversity/Clonality)的计算

1、本文以 TRUST4 的结果为例（基本都大同小异），展示如何计算免疫组库的 Richness / Diversity / Clonality 。

2、在 Immunarch 包中，我们可以使用 repDiversity 函数计算免疫组库的多样性。它提供了多种方法去评估Repertoire的多样性，可以通过 .method 参数进行设置。

3、①菌群丰度（Community richness）指数计算：Chao、Ace指数；②菌群多样性（Community diversity）指数计算：Shannon、Simpson指数。 ——获得指数计算汇总表格。

4、TCRs具有细胞特异性，是T细胞的一种分子标记，在淋巴恶性肿瘤、感染性疾病、自身免疫性疾病和肿瘤免疫学等多种背景下，TCRs被广泛用于监测T细胞的克隆类型(clonality)和多样性(diversity)。

免疫组库（immune repertoire， IR）是指某个体在特定时间点其循环系统中所有功能多样性B细胞和T细胞的总和，在自身免疫疾病、传染病、癌症等多种疾病中扮演者至关重要的角色，也正因此免疫组库一直是各领域的研究重点。

对于基于cDNA全长的IG免疫组库分析，我们一般推荐UMI标签制备文库并使用非对称双端测序350 bp + 100 bp Illumina MiSeq测序方法（详情参考 Nature Protocols paper ）。

10x 免疫组库(VDJ-seq) 截至2020年5月，一共发文56篇。这是仅次于10X RNA-seq的热点方向，因为很多关心免疫细胞的老师会进行10X RNA-seq的时候，配对进行scVDJ-seq。

1、所以理论上10X Genomics单细胞转录组的两种试剂盒都能捕获到到单细胞内新冠病毒的genomic RNA和转录产物。只是5‘试剂盒测的是RNA的5’端，所以理论上单细胞内ORF1a的reads数从一定程度上代表了单细胞内病毒的载量。

2、单细胞测序技术以单个细胞作为对象，通过对单个细胞遗传物质均匀扩增，标记建库后进行测序，最后对单个细胞基因组或转录组展开数据分析，其技术原理主要包括单细胞分离、扩增测序和数据分析3方面。

3、单细胞转录组技术的出现使得我们可以把研究的精度从组织多细胞层面精确到单个细胞领域，可以单独研究某个细胞或者某群细胞具体的特征，特别是对于细胞发育、肿瘤微环境、单细胞图谱绘制方面发挥了关键作用。

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