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猪圆环病毒2型灭活疫苗免疫有着严格的程序。仔猪：3-4周龄首免，间隔3周加强免疫1次，1毫升；后备母猪：配种前做基础免疫2次，间隔3周，产前1个月加强免疫1次，2毫升；经产母猪：跟胎免疫，产前1个月接种1次，2毫升；公猪和其它成年猪：实施普免，每半年免疫1次，2毫升。
在猪场内禁养猫、犬，定期驱蚊蝇、投饵灭鼠。搞好种猪群的净化，坚持自繁自养。定期监测，合理制订免疫程序，避免过早或过多地对仔猪免疫，减少各种应激因素对仔猪的影响。
猪圆环病毒单独发生的几率较小，之后百分之一，不过和蓝耳病混合感染的几率较高，可达52%以上，因此猪圆环病毒应和蓝耳病疫苗合免这样效果才能更好。通常，仔猪的三到四周可首免，中间间隔三周再免疫一次就行。
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