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如何设计荧光定量PCR的引物及TaqMan探针
1、熔解曲线也是一种显示引物二聚体的放法。如果扩增具有极好的特异性,则实时荧光定量PCR 板上每个反应孔的解离曲线将出现一个较窄的单峰。
2、在DNA测序和PCR中最好用5末端稳定(GC含量多),而3端不稳定(AT含量多)的引物,这种引物的结构可以有效地消除假引发反应;1引物和产物之间的Tm值相差别太大,20摄氏度范围内最好。
3、若在原序列中找不到合适的探针与引物(1主要是探针和上游引物的距离太远,而离下游引物的距离却较近时;2突变位点要求在探针的5端也能检测到荧光信号,但却是在3端),可在互补的序列中设计引物与探针。
4、实时荧光Taqman 探针设计 总原则:探针选择要保守,引物选择要保守,因此必须找一段100-200bp相对要保守的片段来设计引物与探针。即real-time PCR的扩增片段是50bp---150bp。
5、为了达到高效反应,应将实时PCR应用的引物设计为能生成短的扩增子。
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